Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
Embedded interpreter Python.
Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
download software avogadro.
Petunjuk Menggambar Molekul
Ketika anda
membuka Avogadro tanpa memuat file berarti otomotatis untuk menggunakan
Draw Tool. Alat ini adalah utama yang akan digunakan saat
menggambar molekul baru. Layar ditembak di bawah ini menunjukkan
Avogadro. Alat dock terletak di atas
tangan kiri dari interface dilambangkan dengan ikon pensil.
Anda dapat
memilih elemen yang anda ingin gunakan dengan
mengklik menu drop-down yang tertera 'Carbon ( 6 )' pada screenshot.
Unsur umum dalam drop down, jika unsur yang ingin anda gunakan tidak ada
dalam
daftar kemudian memilih 'Other ... ' akan memunculkan tabel periodik
penuh.
Klik kiri
sekali pada unsur akan memunculkan rincian
lebih lanjut dari unsur dalam kotak besar di atas tengah. Mengklik ganda
pada sebuah unsur akan memilih unsur dan menutup tabel periodik. Anda
juga tetap dapat
membuka tabel periodik dan klik pada unsur yang ingin anda gunakan,
klik pada tampilan OpenGL tengah untuk menggunakan unsur yang sedang
dipilih.
Setelah anda
memilih unsur, anda dapat klik kiri pada tamplan hitam. Ini akan
menempatkan satu atom dari unsur yang anda pilih. Jika opsi 'Adjust
Hydrogens'
dicentang maka jumlah hidrogen yang sesuai akan ditambahkan ke molekul
untuk
valensi normal. Menghapus centang dari kotak akan menghentikan hal yang
sedang dilakukan .
Deletion
Jika anda menyadari Anda telah membuat kesalahan atau ingin
menghapus atom tertentu maka mengklik kanan pada atom akan
menghapusnya. Perhatikan bahwa jika 'Adjust Hydrogens' dicentang maka anda
tidak dapat menghapus hidrogen yang ditambahkan sebagai fungsi Adjust Hydrogens yang akan menyesuaikan jumlah hidrogen secara otomatis sehingga penambahan hidrogen yang dihapus kembali
lagi.
Building Molecules
Untuk
benar-benar membangun sebuah molekul lengkap anda
mungkin akan ingin menggambar sesuatu yang lebih kompleks. Klik kiri
pada
atom yang ada, tetap tekan tombol mouse dan drag ke lokasi lain untuk
menciptakan ikatan antara atom yang ada dan yang baru. Orde ikatan dapat
dipilih dalam menu 'Orde Ikatan '. Atau klik pada ikatan akan
menyesuaikan ikatannya (single, double, triple).
Jika anda
ingin mengubah atom yang ada sehingga unsur lain dengan mudah memilih
unsur yang diinginkan dan klik pada atom yang ada. Menyesuaikan hidrogen
dapat digunakan untuk 'tumbuh' molekul dengan mengubah hidrogen . Hal
ini memungkinkan untuk membangun banyak struktur menggunakan
alat ini .
Avogadro juga memiliki 'Fragment Library' yang
memungkinkan Anda untuk menelusuri daftar fragmen molekul , memilih salah satu
dan masukkan ke dalam molekul yang ada.
Optimizing the Geometry
Avogadro
memiliki tiga medan gaya yang tersedia yang dapat
digunakan untuk mengoptimalkan struktur molekul yang digambar.
Standarnya
menggunakan MMFF94 yang dapat menangani struktur organik yang
paling umum . Jika anda telah menggunakan logam transisi anda mungkin
ingin
menggunakan UFF yang dapat menangani setiap elemen . Cukup mengklik
'Extensions - > Optimize Geometry' biasanya cukup untuk
mengoptimalkan struktur. Pengaturan kekuatan medan juga dapat diubah
dengan mengklik 'Extensions - > Molecular Mechanics - > Setup
Force Field ... '
Gambar di
atas menunjukkan sebuah molekul yang digambar menggunakan Draw Tools dan
kemudian dioptimalkan menggunakan pengaturan standar dari kekuatan
medan untuk mengoptimalkan geometri molekul .
Manipulating Molecules
Anda tidak
selalu bisa melakukannya dengan benar saat pertama membuatnya, atau
mungkin optimasi geometri belum memberikan anda geometri yang menarik.
Avogadro memiliki dua alat untuk membantu dengan memanipulasi
molekul yang telah digambar. Mereka adalah Bond
Centric Manipulate Tool dan
Manipulate Tool. Kedua perangkat tersebut memungkinkan anda untuk memanipulasi molekul
yang ada.
Banyak alat
dapat bekerja di kedua atom yang diklik atau atom yang dipilih. Select
Tool memungkinkan anda untuk membuat pilihan dan kemudian
bekerja pada pilihan ini menggunakan alat yang berbeda. Misalnya satu
grup dengan lima atom dapat dipilih menggunakan Select Tool dan kemudian
atom-atom dapat
dipindahkan dengan memilih Manipulate Tool dan mengklik kiri pilihan
sambil menggerakkan mouse sampai konfigurasi yang diinginkan diperoleh .
Undo / Redo
Avogadro mendukung undo / redo. Semua operasi menggambar dapat dibatalkan dan diulang dengan menggunakan menu yang sesuai dalam
menu edit. Jika anda membuat kesalahan cukup pilih 'Edit - > Undo ' (
atau Ctrl + Z ).
Save
Setelah anda puas dengan molekul yang telah
digambar anda dapat menyimpannya dengan menggunakan ' File-> Save As ... ' pada menu. Jika tidak ada extension yang diberikan Avogadro akan langsung menggunakan CML yang merupakan
standar penyimpanan jika Anda tidak yakin format apa yang dipakai .
Postingan
0 Response to "AVOGADRO untuk menggambar bentuk molekul"
Posting Komentar